みなさんが書き上げた卒業論文は、卒業時にみなの分を束ねて文集にします。そのこともあって、論文の体裁は一定のルールにしたがって書かれている必要があります。つまり、最終的には論文集用に文書を整形する必要があります。
しかし、実際に論文を作成している途中段階では、文章の形式（フォーマット）は気にする必要はありません。論文の執筆にしても、本の執筆にしても、原稿だんかいではプレーンなテキストで書き、印刷のための文書の整形は、作品の内容が出来上がったあとで最後の最後にやります。よって、
原稿（プレーンなテキスト）
↓
文書整形（一定の形式で文書を整形（清書）する）
原稿作成時は、最低限のフォーマットで、プレーンなテキストで書いていきます。図表を途中で挿入する場合には、「ここに図○を挿入する」というようにマークだけを入れておき、図表は原稿の最後に一括してまとめます（文書整形するときに、実際に指定された場所に図表を挿入します）。
